1、選擇合適的超濾管，主要考慮MWCO和濃縮體積，最常見的是Ultra-15（10kD）。到底選擇多大截留分子量比較合適呢？10kDa、 5kDa、還是30kDa？通常應截留分子量不應大于目的蛋白分子量的1/3，比如目的蛋白分子量為35kDa，就可以選擇10kDa截留分子量的超濾 管。若目的蛋白分子量為10kD左右，則可以用截留分子量3kD的超濾管。認真閱讀使用說明書，注意超濾膜對各種化學物質的耐受程度有所不同，表格中有。
2、新買來的超濾是干燥的，使用前加入MilliQ水，水量有效過膜，冰浴或冰箱里預冷幾分鐘。然后將水倒出，即可加入蛋白液，加入的多少，以不超過管頂的白線為準。操作要輕，加入蛋白液前，超濾管需要插在冰上預冷。
3、平衡。質量和重心二者都要達到平衡。注意轉速和加速度不可太快，否則直接損壞超濾膜。開始離心超濾（離心機預冷至4度）。不同離心機的轉速 rpm換算成g之后，有所不同。具體可參閱附件里的說明書。離心機的加速度調至最低檔，減小對膜的壓力。注意，一定要等離心機達到目的轉速之后，方可離開 離心機，否則離心機出問題時，無法第一時間處理，后果不可預測！膜與轉軸的方向根據說明書調整（角轉離心機的情況是膜與軸垂直）。在實際使用中，一般轉速 開的比說明書里的要低，這樣可以延長離心管的使用壽命。
4、當濃縮到剩下1ml時，【取50ul國產Bradford溶液，加入10ul流穿，看有沒變藍色，以此判斷超濾管是否漏掉蛋白。如果管漏了，將 上層和流穿重新倒入新管中開始超濾。要有效判斷是否漏管，用5mg/ml的BSA離心10min，再取流穿，跑蛋白膠或Bradford粗測】，繼續(xù)加入 剩下的蛋白液濃縮（在冰上操作，防止蛋白受熱），直到所有濃縮液都加完為止。離心過程中注意是否發(fā)生蛋白沉淀，導致堵管。若發(fā)生沉淀，要確定沉淀的具體原 因，是蛋白濃度過高還是Buffer不合適；前者可用多根超濾管同時超濾，降低濃度的辦法解決，后者的方法是換不同的Buffer，直到蛋白不發(fā)生沉淀為 止。
5、前面幾步用以濃縮蛋白，如果要換Buffer，在總蛋白液濃縮至1ml左右的時候，輕輕加入新的Buffer（經0.22um超濾膜超濾），再 濃縮至1ml左右，連續(xù)三次，最后一次的濃縮終體積根據需要的蛋白濃度而定，一般不多于500ul，也有濃縮至200ul以內的情況。按照每次至少10倍 左右的體積濃縮算，三次達到1000倍以上，基本上可以達到換buffer的目的。
6、取出最終蛋白濃縮液的操作在冰上操作，用黃槍頭（200ul）取，輕輕順著邊緣插入槍頭，輕輕吹打、混勻蛋白液，注意不要碰到超濾膜，然后吸取 濃縮液，每次吸接近200ul，直到吸完。管底剩下的最后一點濃縮液不必吸取，否則難度太大，有可能損壞超濾膜。最后加入MilliQ水到超濾管中，沒過 超濾膜，防止膜失水變干。
